Uno dei problemi principali connessi alla tecnica irrigua a goccia è rappresentato dalla possibile occlusione degli apparecchi erogatori causata da materiale trasportato in sospensione dalla corrente idrica.

E' dunque necessario fare un'attenta analisi della fonte di approvvigionamento idrica utilizzata, al fine di conoscere i valori del pH, calcio, magnesio, salinità totale, sodio, potassio, ferro, manganese, boro, bicarbonato, carbonato, cloruro, solfato, solfuro, quantità e dimensioni dei solidi in sospensione. In particolare i solidi in sospensione nella rete idrica comprendono particelle di dimensioni variabili, come ad esempio granelli di sabbia o particelle argille, organismi viventi inclusi batteri ed alghe, ed un'ampia varietà di altre sostanze trasportate in sospensione.

Qualitativamente è possibile descrivere le cause e distinguere le tipologie dell'occlusione in: occlusione di tipo fisico dovuta ai solidi sospesi inorganici (limo, sabbia e argilla) e ai solidi sospesi organici (alghe, resti di piante e animali acquatici, etc.), che possono accumularsi fino a bloccare l'erogatore.

occlusione di tipo chimico dovuta alla precipitazione dei carbonati di calcio e magnesio e degli ossidi di ferro e di manganese. La precipitazione può essere favorita dall'aumento del pH e della temperatura o dalla presenza in soluzione di altri ioni, come per esempio quelli apportati dai fertilizzanti; occlusione di tipo biologico dovuto all'attività microbica che può produrre fanghiglia organica, filamenti e depositi.

In relazione alla sensibilità ai fenomeni di ostruzione, è stata proposta da Karmeli e Keller [1974] la seguente classificazione:

• erogatori “molto sensibili” quelli con sezioni di passaggio di diametro minore di 0,7 mm;
• erogatori “sensibili” quelli con diametro compreso tra 0,7 e 1,5 mm;
• erogatori “poco sensibili” quelli con diametro maggiore di 1,5 mm.

Poiché il verificarsi di fenomeni di occlusione negli impianti microirrigui è particolarmente temibile, in quanto, anche una minima percentuale di gocciolatori intasati può ridurre notevolmente l'uniformità di erogazione, è necessario procedere attraverso un opportuno trattamento delle acque (di tipo chimico o fisico, il trattamento chimico si può eseguire da solo, o talvolta, congiuntamente a quello fisico. ) che migliorandone le caratteristiche qualitative riduce il rischio di occlusione;ovvero possono essere attenuati con l'utilizzo di erogatori poco suscettibili all'intasamento utilizzando erogatori con ampie luci di passaggio.

Il trattamento chimico, invece consiste nell'aggiungere una o più sostanze chimiche allo scopo di controllare lo sviluppo di organismi e le reazioni chimiche. I trattamenti chimici comunemente impiegati nei sistemi di microirrigazione comprendono l'aggiunta di cloro e/o di acido.

I trattamenti di tipo fisico comunemente adottati per la rimozione di solidi organici, materiali filamentosi ed alghe che possono essere presenti nelle acque superficiali, prevedono processi di filtrazione tramite apparecchi dotati di elementi filtranti (filtri a rete) o dotati di elementi costituiti da dischi sovrapposti (filtri a dischi), o anche attraverso la filtrazione granulare (filtri a sabbia). I solidi in sospensione che possono essere presenti nelle acque profonde (di pozzo) si possono rimuovere tramite separatori centrifughi, vasche di sedimentazione, o con qualche combinazione dei suddetti sistemi.